Bilim Akademisi gençlerin iyi bilim yapmaya teşvik edilmelerini ve iyi örneklerin ödüllendirilmesini öncelik olarak görmektedir. En iyi genç akademisyenlerimizin belirlenmeleri, ödüllendirilmeleri ve yeni araştırmalar için desteklenmeleri amacı ile 2013 yılında bir ödül programı başlatmıştır. Bilim Akademisi bu programı kamu fonları ile değil, toplumun desteğiyle yürütmektedir.

BAGEP 2016 

İbrahim Semih Akçomak - Bilim ve Teknoloji Politikası Çalışmaları

Hakan Altan - Fizik

Sreeparna Banerjee - Biyoloji

BAGEP 2015 

Hande Toffoli - Fizik

Nurcan Tunçbağ - Biyoloji

Haluk Külah - Elektrik Elektronik Mühendisliği 

Hüsnü Emrah Ünalan - Metalurji ve Malzeme Muhendisliği

Serkan Küçükşenel - Ekonomi

Hande Sözer – ODTÜ (K.K.T.C.) – Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler

BAGEP 2014

Tolga Can – Bilgisayar Mühendisliği

Mehmet Somel – Biyoloji

Elif Uysal Bıyıkoğlu – Elektrik  Elektronik Mühendisliği

İsmail Turan – Fizik

Tuğba Tanyeri Erdemir – Sosyal Bilimler – Arkeoloji

BAGEP 2013

Alpan Bek - Fizik

Özgür Ergül - Elektrik Elektronik Mühendisliği